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thermo离子阱质谱是利用高电场使质谱进样端的毛细管柱流出的液滴带电，在氮气气流的作用下，液滴溶剂蒸发，表面积缩小，表面电荷密度不断增加，直至产生的库仑力与液滴表面张力达到雷利J限，液滴爆裂为带电的子液滴，这一过程不断重复使终的液滴非常细小呈喷雾状，这时液滴表面的电场非常Q大，使分析物离子化并以带单电荷或多电荷的离子形式进入质量分析器。离子阱质谱从液相中产生离子，一般说来，肽段的混合物经过液相色谱分离后，经过偶联的与在线连接的离子阱质谱分析，给出肽片段的准确的RCHNH2COOH序列，但是分析时间一般较长。
功能多：
离子阱有全扫描和选择离子扫描功能，同时具有离子储存技术，可以选择任一质量离子进行碰撞解离，实现二级或多级MSn分析功能。但离子阱的全扫描和选择离子扫描的灵敏度是相似的。广泛应用于蛋白质组学和Y物代谢分析。已经出现了很多离子阱质谱与其它分析仪器联用的技术，如气相色谱-离子阱质谱联用仪、FTR-ITMS联用技术。
主要优势：
1、S -离子透镜提高离子传输并缩短离子阱填充时间，提高了仪器的灵敏度和数据采集速率；
2、更有效的双重压力离子阱，同时增加扫描的速度和质量分辨率；
3、自动增益控制预测功能降低了循环时间，提高了数据采集速率；
4、灵敏度和质量分辨率的改S为低浓度分析物的指认更增信心；
5、综合性能的提高使复杂样品中同时进行识别，结构鉴定和定量成为可能；
6、支持升级到提供超高分辨率和出S的质量精度的OrbitrapTM技术。
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